近年来，财政审计在促进深化财政改革、规范财政管理方面发挥了明显成效。主要体现在：
——促进健全政府预算体系，将全部财政资金纳入预算管理。2008年以来，财政审计着重揭示影响预算完整性的突出问题，比如一些基金没有纳入预算管理、采取退库等方式解决应该由预算安排的支出、一些财政资金既没在预算报表中反映也没通过备注加以说明等，提出有针对性的审计建议。有关部门按照国务院要求采纳审计建议，逐步减少和取消了预算外资金，完善了政府性基金预算，开始编制中央国有资本经营预算等，健全了政府预算体系，增强了预算的完整性。
——促进规范专项资金的分配，强化重点支出保证，加强专项资金管理。通过财政专项资金审计，揭示了专项资金分配、管理和使用中存在的突出问题，提出了规范和加强专项资金管理的建议。有关部门按照审计建议，先后出台了规范和加强重大科技专项资金、小型农田水利建设资金、教育费附加等专项资金分配管理办法等一系列规定。
——促进优化转移支付结构，完善转移支付制度。在优化转移支付结构、整合转移支付项目等方面做了很多工作。在审计工作报告中指出了两个比重“过高”，即转移支付占财政支出的比重过高、专项转移支付占转移支付的比重过高，以及转移支付在结构上与改善民生、健全社会保障体系、完善社会主义市场经济体制等方面的要求还不相适应等问题，引起了有关方面的高度重视，
——促进改进预算编制，提高预算执行质量。这些年的财政审计揭示了预算编制不规范、不合理，预算执行不严格，支出反映不完整等问题。有关部门采取了很多措施，制定了很多办法，在预算编制和提高预算执行质量方面有了很大的改进和提高。
——促进财政预算、决算的公开透明。根据审计情况，2008年审计署曾向国务院建议，从2010年开始，用3年左右实现中央部门预算全部公开。国务院责成相关部门加快推进部门预算公开的进程和步伐，2008年试点公开了10个部门的预算，到2012年预决算公开实现常态化、机制化，“三公经费”公开也取得重要进展。各地各部门预决算公开和“三公经费”公开也在积极推进中。
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